Ngày 14//11/1988 Hiệp hội Nuôi tôm xuất khẩu Việt Nam được thành lập theo Quyết định số 288-CT của Chủ tịch Hội đồng Bộ trưởng[2]. Sau một thời gian hoạt động, Hiệp hội Nuôi tôm xuất khẩu Việt Nam đã có bước trưởng thành, cổ vũ, động viên ngư dân Việt Nam tập trung phát triển mạnh mẽ phong trào nuôi tôm trên khắp cả nước, từ khai thác tự nhiên đến quảng canh cải tiến và bắt đầu tiền đề cho nuôi bán công nghiệp và công nghiệp sau này.

Ngày 21/3/1990 Hội đồng Bộ trưởng đã có quyết định số 90-CT phê chuẩn việc đổi tên Hiệp hội Nuôi tôm xuất khẩu Việt Nam thành Hội Nuôi tôm xuất khẩu Việt Nam.

Ngày 19/6/1995 đến năm 1995, tại văn bản số 3281-TCCB của Văn phòng Chính phủ thông báo về việc Thủ tướng Chính phủ đồng ý với đề nghị của Hội Nuôi tôm xuất khẩu Việt Nam đổi tên Hội thành Hội Nuôi thủy sản Việt Nam.

Cùng ra đời với Hội Nuôi thủy sản Việt Nam, ngày 11/3/1992, Hội Nghề cá Việt Nam được Chủ tịch Hội đồng Bộ trưởng cho phép thành lập tại quyết định số 86-CT. Sự tham gia tích cực của các hội viên Hội Nuôi thủy sản Việt Nam và Hội Nghề cá Việt Nam là đáng ghi nhận.

Ngày 5/5/2000, tại quyết định số 33/2000 QĐ/BTCCBCP của Bộ trưởng, Trưởng ban Tổ chức cán bộ Chính phủ (nay là Bộ Nội vụ) cho phép hợp nhất Hội Nuôi thủy sản Việt Nam và Hội Nghề cá Việt Nam thành Hội Nghề cá Việt Nam.